Borussia e Dortmundit humbet mundësinë për të fituar të dy trofetë në këtë sezon, pasi u eliminua në raundin e 1/8-ave të Kupës së Gjermanisë nga Werder Bremen pas goditjes së penalltive. Një eliminim i hidhur për verdhezinjtë e Lucien Favre, pasi Dortmundi ishte dy herë në avantazh në kohën shtesë por në të dy rastet u arrit nga Werderi. Në Signal Iduna Park, koha e rregullt përfundoi në barazim 1-1, me golat e Milot Rashicës i cili kaloi fillimisht në avantazh Werderin ndërsa Reus barazoi në sekondat e fundit të pjesës së parë. Me këtë rezultat përfundoi dhe pjesa e dytë ndërsa në shtesë, Dortmundi kaloi në epërsi dy herë me Pulisic dhe Hakimin por veterani Pizarro dhe Harnik iu përgjigjën golave të skuadrave vendase për rezultatin final 3-3. Nga pika e bardhë e penalltive lojtarët e Werderit u treguan të gjithë të saktë ndërsa Dortmundi humbi 2 penallti dhe gjithashtu mundësinë për të kaluar në çerekfinalet e Kupës së Gjermanisë. Në mënyrë shumë surprizuese u eliminua nga kompeticioni edhe Bayer Leverkusen që u mposht nga Heidenheim i Bundesligës së dytë me rezultatin 2-1 ndërkohë që Hamburg mposhti 1-0 Nurnberg.
